用 Nextflow 编写的库

rnaseq

使用 STAR、RSEM、HISAT2 或 Salmon 的 RNA 测序分析流程，具有基因/亚型计数和广泛的质量控制。
  • 646
  • MIT

patterns

Nextflow 实现模式的精选集合（由 nextflow-io 提供）。
  • 281
  • MIT

sarek

通过 WGS/靶向测序检测种系或体细胞变异（预处理、变异调用和注释）的分析流程。
  • 256
  • MIT

chipseq

ChIP-seq 峰识别、QC 和差异分析流程..
  • 149
  • MIT

atacseq

ATAC-seq 峰调用和 QC 分析流程。
  • 142
  • MIT

mag

宏基因组的组装和装箱。
  • 134
  • MIT

eager

完全可重复且最先进的古代 DNA 分析管道。
  • 96
  • MIT

configs

配置文件用于定义特定于不同机构的计算环境的参数（由 nf-core 提供）。
  • 71
  • MIT

rnaseq-nf

RNAseq 管道的概念证明。
  • 53
  • Mozilla Public License 2.0

rare-disease-wf

(WIP) 罕见疾病的最佳实践工作流程。
  • 51
  • MIT

hlatyping

根据下一代测序数据进行精确的 HLA 分型。
  • 45
  • MIT

rnatoy

使用 Nextflow 的 RNA-Seq 管道概念验证。
  • 28

GATK

基于 GATK4 最佳实践的种系变体调用 Nextflow 管道。
  • 11